A l’échelle du bassin Seine-Normandie, le chargé d’études est en charge de la surveillance, de l’évaluation de l’état hydrobiologique des cours d’eau et des plans d’eau, de la connaissance du fonctionnement hydrobiologique, et de l’impact des pressions qui freinent l’atteinte du bon état écologique, l’’état hydrobiologique étant au cœur du bon état défini par la directive cadre sur l’eau.

Il assure la mise en œuvre de la surveillance hydrobiologique des cours d’eau et plans d’eau. A ce titre :
 il est responsable de la stratégie de surveillance hydrobiologique des cours d’eau et des plans d’eau, en lien avec la chargée d’études « surveillance physico-chimie et micropolluants »
 il établit la progammation annuelle de la surveillance hydrobiologique et des paramètres liés à l’eutrophisation ;
 il est référent pour les lieux de prélèvements hydrobiologiques en collaboration avec les DT et les DREAL/DRIEE, et tient à jour leur référencement ;
 avec les DREAL/DRIEE, il assure la réception, la complétude, et la qualification experte des résultats ;
 il assure la relecture de supervision des aides relative à la surveillance ESU dans son domaine ;
 il est chargé de la rédaction des documents de consultation lors du renouvellement du marché de surveillance hydrobiologique, en lien avec la chargée d’études qui coordonne l’ensemble de ces marchés.

Il participe à l’évaluation de l’état des masses d’eau superficielles, en lien avec les chargés d’études eaux superficielles :
 il analyse l’état biologique des masses d’eau au regard de l’état des autres éléments de qualité ;
 il contribue à l’interprétation des résultats d’analyses pour chacun des paramètres hydrobiologiques (poissons, invertébrés, macrophytes, diatomées), et à identifier à partir des informations/données hydrobiologiques fines, les pressions à l’origine des déclassements ;
 il est en charge du suivi des phénomènes d’eutrophisation des cours d’eau et plans d’eau.

En matière d’études :
 il engage et pilote les études et recherches permettant une meilleure connaissance du fonctionnement hydrobiologique du bassin. Il suit notamment les travaux du PIREN Seine relatifs à l’hydrobiologie, et aux manifestations d’eutrophisation ;
 il engage et pilote les études nécessaires à l’anticipation des impacts des changements d’indicateurs correspondants, en lien avec les travaux nationaux auxquels il contribue ;
 il contribue au suivi du changement climatique sur l’état hydrobiologique des masses d’eau et à l’évaluation de l’impact des prélèvements sur l’état biologique et à la définition des priorités d’action de gestion quantitative ;
 il participe voire engage les études nécessaires à l’identification des masses d’eau susceptibles de classement en « fortement modifiées (MEFM) » et en « objectifs moins stricts (OMS » notamment du fait de l’impossibilité d’atteindre un bon état hydrobiologique.

En ce qui concerne la planification :
 à l’élaboration de l’état des lieux pour ce qui concerne l’état des masses d’eau, pour l'évaluation des risques de non atteinte du bon état et pour la définition des objectifs d’état écologique ;
 aux orientations du SDAGE et à l’élaboration du programme de mesures territorialisé ;
 au rapportage européen des éléments hydrobiologiques.

En matière de valorisation :
Il contribue à la bonne diffusion des données, à la rédaction de documents de communication, à la diffusion d’informations pertinentes auprès des directions territoriales de l’agence, du siège et des instances… De plus, il apporte un appui :
 aux chargés d'études, d'opérations sur des questions techniques en mobilisant son expertise ;
 aux différents services de l'Agence pour l'identification des priorités d'actions visant l'amélioration de la qualité des eaux superficielles.

Il assure un rôle de référent de l'Agence dans son domaine de compétence :
 il participe au groupe de travail "Eaux superficielles" du réseau métier EMAAD ;
 il participe aux travaux conduits au niveau national sur l’hydrobiologie ;
 il participe au suivi des partenariats scientifiques dans ses domaines de compétence.