Description du poste

Contexte de la mission :

Dans le cadre de la politique départementale en faveur de la préservation, de la gestion et de la valorisation des sites naturels, et suite à la labellisation Ramsar des Marais et tourbières des vallées de la Somme et de L’Avre, le Département de la Somme est engagé dans des projets pilotes d’amélioration des connaissances.
Ainsi, le Département, en tant qu’organisme coordinateur de ce site, a décidé de soutenir un projet, en lien avec la recherche scientifique, visant à mieux comprendre la répartition et l’évolution des populations d’oiseaux d’eau sur ce périmètre.

Thématiques :
• Milieux naturels : connaissance, oiseaux d’eau, recherche, préservation, gestion, valorisation.
• Outils : échantillonnage, biologie moléculaire, analyse bioinformatique.
• Partenariats : Conservatoire d’Espaces Naturels des Hauts-de-France, Picardie Nature, Fédération des chasseurs de la Somme, Conservatoire Botanique National de Bailleul…

Objectifs :
L’étude réalisée a pour but de définir et d’améliorer les conditions d’accueil des oiseaux d’eau sur un site naturel constitué d’une mosaïque d’étangs et de marais de fort intérêt faunistique et floristique. La connaissance de l’écologie des oiseaux et en particulier de leur régime alimentaire et de leur état physiologique, dont le microbiote intestinal sera utilisé ici comme un indicateur, est un préalable pour guider les actions de gestion.

Missions :
Missions principales :
Le stagiaire utilisera une méthode moléculaire alternative à partir d’échantillons de fèces pour l’analyse du régime alimentaire et du microbiote intestinal. Cette méthode permettra un échantillonnage intensif, non-invasif, la détection sensible et précise des taxons de proies et l’étude de la covariation du régime alimentaire avec le microbiote intestinal par détection simultanée. Un travail de terrain pour l’optimisation de l’échantillonnage des fèces sera nécessaire. Il permettra de déterminer la méthode à utiliser pour obtenir des excréments frais, d’espèce identifiée et d’individus différents. La méthode de biologie moléculaire qui sera utilisée est basée sur l’extraction et l’amplification par PCR de l’ADN des proies (invertébrés et plantes) et de l’ADN bactérien (pour le microbiote). Les librairies ainsi constituées seront envoyées pour le séquençage haut débit. L’étude des disponibilités trophiques se fera en collaboration avec des chercheurs de l’Institut par analyse morphologique. Les données seront mises en relation avec les résultats d’analyse d’éléments traces métalliques (cadmium, plomb, mercure…) effectuée par spectrométrie de masse en collaboration avec la plateforme Alysée de l’Institut à partir de prélèvements d’eau que nous aurons réalisés. L’analyse bioinformatique des données se fera en utilisant des logiciels dédiés ainsi que le logiciel R pour l’analyse statistique.

Missions annexes :
En fonction de l’état d’avancement de son travail, le stagiaire participera à la présentation des résultats de ses études.