Ginger Burgeap recherche pour son site de Montpellier, un(e) stagiaire - Ingénieur(e) programmation R Shiny et modélisation machine learning pour l'étude des risques sanitaires liés aux sols contaminés.

Le stage s'inscrit dans le cadre du projet Physalis visant à développer, à partir d'une base de données de mesures de laboratoire, une méthode d'aide à l'interprétation des risques de toxicité sur les cultures et de contamination des denrées végétales alimentaires produites sur sols contaminés. Afin d'automatiser et d'homogénéiser le traitement des données, une application RShiny open source a été développée l'an dernier. Cette application a été diffusée et, suite aux premières utilisations, certaines modifications de code (débuguage, ajout de fonctions et de mise en forme) sont nécessaires.

Basées sur des interactions avec des experts.es de la thématique d'application, ces modifications permettront ensuite de se projeter sur la seconde moitié du stage vers l'utilisation du jeu de données généré par l'application. L'objectif sera alors de tester différentes méthodes de modélisation (linéaires et de machine learning) afin de prédire les risques de toxicité et de contamination des plantes à partir de mesures faites dans le sol. Les modèles devront être optimisés, testés et validés sur les jeux de données disponibles et validés par l'application.

Vos responsabilités

• Pour la première partie
• Solutionner les bugs de l'application RShiny en ligne
• Ajouter les fonctions nécessaires à sa bonne utilisation
• Assurer la sauvegarde du code grâce à Gitlab
• Documenter le code rédigé et le processus de développement afin d'assurer la passation
• Générer les jeux de données à l'aide de l'application
• Pour la seconde partie
• Contribuer à la Présélection de différents modèles prédictifs à tester
• Optimiser les modèles sur les jeux de données
• Comparer les performances des modèles
• Conclure sur l'utilisation et l'applicabilité de tels modèles en fonction du jeu de données d'intérêt