En matière d'hydromorphologie et de foinctionnement écologique des milieux aquatiques, le chargé d’études contribue, sous l’autorité du chef de service, à la connaissance des des eaux superficielles et à l'identification des priorités d'action. A ce titre, il :
 participe à la connaissance de l'hydromorphologie et des fonctionnalités écologiques des eaux superficielles du bassin :
- contribue à la connaissance de l'hydromorphologie, de l'écologie et de la biodiversité des cours d'eau (habitats aquatiques, continuité écologique, etc.), des plans d'eau et des zones humides, de la faune (invertébrés, poissons) et de la flore aquatiques (diatomées, macrophytes, …), des espèces migratrices, des espèces invasives, conçoit le programme de surveillance biologique (poissons) et hydromorphologique des cours d'eau des et toutes thématiques des plans d'eau en lien avec les services concernés de l'Agence et de l'Etat,
- initie et conduit des études visant à améliorer la connaissance des milieux aquatiques et des de leur fonctionnement,
 apporte un appui à la définition des priorités d'actions visant la préservation des zones humides et la restauration de l'hydromorphologie et la continuité écologique :
- apporte son expertise technique aux chargés d'études et d'opérations des directions territoriales et techniques,
 assure le rôle de référent de l'Agence dans son domaine de compétence :
- participe aux actions de valorisation des données, production de documents pédagogiques, de communication technique en apportant son expertise propre
- participe en tant que de besoin aux travaux nationaux sur les thématiques cours d'eau (syrah, aurah, caryh, etc.), plans d'eau (alber, etc.) et zones humides (boîtes à outils, gwern, rhoméo, etc.), assure une veille normative,
- contribue à l'animation du groupe de travail "Hydromorphologie " et "Zones Humides" du bassin SN, représente l'Agence auprès des autres établissements et des interlocuteurs externes : MEDDE, DRIEE- SBN, ONEMA…et anime les partenariats scientifiques nécessaires dans ses domaines.

Liaisons techniques et fonctionnelles
Le chargé d’études est placé sous l’autorité directe du chef de service Eaux Superficielles et Milieux Aquatiques.
Le chargé d'études travaille en lien étroit avec les autres chargés d'études du service et plus largement de la DEMAA, avec les directions techniques et les directions territoriales de l'Agence.
Il participe au travail du réseau métier "Eau, Milieux Aquatiques, Agriculture et Données"