La DREAL Franche-Comté, est chargée, au niveau régional, de la mise en œuvre des politiques publiques du ministère de l'Écologie, du Développement durable et de l'Énergie et du ministère de l'Égalité des Territoires et du Logement. Placées sous l'autorité du préfet de région, la DREAL est chargée d'élaborer et de mettre en œuvre les politiques de l'État en matière de changements climatiques, de biodiversité, de construction, d'urbanisme, d'infrastructures de transport, d'énergie, de sécurité des activités industrielles, de prévention des pollutions.
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