Description du poste

Irstea, institut de recherche en sciences et technologies pour l’environnement et l’agriculture est focalisé sur 3 défis sociétaux: la gestion durable des eaux et des territoires, les risques naturels et la qualité environnementale. Bien inséré dans le paysage de la recherche française et européenne, il mène ses recherches en appui aux politiques publiques et en partenariat avec les industriels. Il comprend 1600 personnes sur 9 sites en France. Sa recherche est organisée en 12 thèmes de recherche (TR). Le TR "Technologies et procédés pour l'Eau et les Déchets" (TR TED) a pour objectif de faire progresser les connaissances pour élaborer des préconisations pertinentes et innovantes en termes de conception, de dimensionnement, d’exploitation et d’optimisation des installations de valorisation et de traitement des effluents liquides et des déchets solides.

Rattaché à l'équipe BIOMIC de l’UR HBAN (Antony), au sein du TR TED, vous serez chargé(e) de déployer des outils bioinformatiques ainsi que d'organiser et de prendre en charge le traitement et le stockage de données haut-débit en écologie microbienne. Votre activité sera organisée de manière à répondre aux besoins de l'ensemble des équipes du TR TED d'Irstea travaillant sur les écosystèmes microbiens de bioprocédés : équipes BIOMIC et EPURE de l’UR HBAN à Antony, PANDOR et SAFIR de l’UR OPAALE à Rennes. Votre travail s'inscrira dans le cadre d'une collaboration - en montage - avec l'INRA de Jouy-en-Josas pour développer des solutions bioinformatiques sous environnement Galaxy.
En interaction étroite avec les chercheurs de l'établissement, vous développerez, organiserez, assurerez la maintenance et l'évolution des pipelines informatiques et des bases de données permettant de répondre aux besoins de recherche des équipes d'Irstea travaillant dans le domaine de l'écologie microbienne. Lorsque nécessaire, vous organiserez et animerez des sessions de formation en interne sur les outils développés. Vous traiterez également des jeux de données de nature diversifiée : lots de séquences de ribotags (ADNr) et de gènes fonctionnels, séquences d'acides nucléiques issues de métagénomes et de métatranscriptomes, ainsi que des données de spectrométrie de masse issues de métaprotéomes et de métabolomes microbiens. Le développement de pipelines pour des analyses multiomiques sera également un de vos objectifs à terme.

Vous devrez maintenir une veille technologique continue afin de faire évoluer au mieux les outils mis en oeuvre pour répondre aux attentes des équipes. Vous serez également impliqué(e) dans la diffusion et la valorisation des résultats et prendrez en charge l’écriture de rapports d'étude à destination de vos interlocuteurs scientifiques.

Vous serez particulièrement attentif au respect des règles de propriété des données et de déontologie scientifique. Vous serez également chargé(e) d'inscrire votre activité dans le cadre de la démarche d'assurance qualité engagée par Irstea.