Description du poste

Les agents pathogènes responsables des grippes aviaires, appelés virus Influenza A (VIA), ont pour réservoir principal les oiseaux sauvages, en particulier les Charadriiformes (Goélands, mouettes…) et les Ansériformes (Canards, oies…). Au sein de ce réservoir la transmission se fait principalement soit par contact direct, soit par l’ingestion d’eau contaminée par les fèces d’individus infectés. Les milieux aquatiques, au sein desquels les VIA peuvent persister, représentent donc un élément clé de la dynamique de ces virus. Cependant le devenir des VIA au sein de ces milieux est méconnu. Les études existantes montrent l’influence des conditions environnementales, telles que la salinité et la température, sur la persistance des VIA dans l’eau en laboratoire mais ne se sont pas intéressées à l’impact du transport de ces virus dans les systèmes hydrographiques. Nous nous proposons de coupler modèles hydrologiques, connaissances de l’écologie des oiseaux infectés et données sur la persistance des VIA pour comprendre quels facteurs prépondérants influencent la dynamique de ces virus au sein des zones humides. Notre étude permettra de modéliser la présence des VIA et son évolution dans le temps et l’espace au sein d'une zone humide modèle, l'hydrosystème Vaccarès en Camargue, au cours d’une année. Ce projet interdisciplinaire vise également à développer une approche applicable par la suite à d’autres agents infectieux.

L'emploi proposé intervient au début de ce projet global. Des simulations de l'évolution de VIA seront réalisées sous le logiciel hydrodynamique bidimensionnel TELEMAC-2D. Ces simulations se dérouleront en deux étapes. Dans un premier temps des simulations sur des géométries simples de zones humides "fictives" seront réalisées, afin de tester la sensibilité de la réponse des VIA à différents paramètres, tels que les variations bathymétriques, les modalités de contaminations des bassins, et le mode de prise en compte des conditions environnementales (loi de Chapra, loi de Canteras, ...). Dans un second temps, des simulations seront réalisées sur l'hydrosystème Vaccarès, zone humide centrale de Camargue, pour laquelle un modèle TELEMAC-2D existe déjà dans l'équipe d'accueil. Ces simulations permettront de mieux cerner les possibles zones d'accumulation des VIA dans cette zone de première importance en Camargue.

Voir les détails complémentaires sur le site internet de la Tour du Valat.