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Post Doctorat Ecotoxicologie 18 mois H/F

Mise à jour le 01/04/2011

Description du poste

Développement d’un modèle d’écotoxicogénomique de milieu aquatique perturbé: la paramécie
Recherche de signatures transcriptomiques spécifiques de l’impact de xénobiotiques

Laboratoire
Plus de 90 personnes travaillent sur les microorganismes procaryotes et eucaryotes (Archaea, Bactéries, Protistes, Champignons), ainsi que sur les virus, à différents niveaux d’intégration, depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu’aux rôles de ces microorganismes dans les écosystèmes. Une attention particulière est accordée au développement de l’écologie moléculaire, avec la mise en œuvre des outils récents de génomique et de post-génomique au service de questions scientifiques liées au disfonctionnement des écosystèmes. Les domaines d’application de ces travaux ont trait à l’environnement, notamment à la gestion des ressources en eau, à la dépollution des milieux, et à la santé humaine et animale.

Objectifs
L'analyse des risques envers la santé humaine et environnementale repose sur la connaissance la plus précoce possible des effets nuisibles et sur la détermination de biomarqueurs les plus sensibles. Quels sont les gènes impactés après une exposition à des xénobiotiques (pesticides, métaux lourds...)? S'appuyant sur un GDR Européen rassemblant des spécialistes du génome des ciliés et sur la Fédération des Recherches en Environnement de la région Auvergne, il s'agit de développer l’analyse transcriptomique chez le cilié Paramecium tetraurelia pour la mise en évidence de marqueurs d’exposition et d’effet.

Acquis
Le dimensionnement d’expériences en conditions normalisées montre que le modèle unicellulaire Paramecium est adapté à des tests écotoxicologiques. La technologie des puces ADN Nimblegen a été retenue. Les premières données transcriptomiques sont en cours d'analyse et indiquent des marqueurs d’effets et d’expositions à des concentrations très faibles pour un xénobiotique.

Missions
Réaliser une banque de signatures transcriptomiques à partir de données obtenues par l’analyse de transcrits issus de conditions de culture de Paramecium soumis à différents xénobiotiques. Confirmer les gènes marqueurs par analyse qPCR. Les meilleurs candidats serviront à développer des tests rapides indicateurs de la présence de polluants. Les ciliés étant génétiquement modifiables, il est envisagé à moyen terme de construire des souches répondants avce une plus grande sensibilité ou plus précocement à la présence d'éléments polluants.

Profil
Le profil est très ouvert. Nous recherchons des candidats compétents en écologie moléculaire avec une spécificité souhaitable en écotoxicologie. Une connaissance de l’analyse de données génomiques (Blast, Kegg, base de données….) serait appréciée. Toutefois, le développement de tests ecotoxicologiques basés sur des variations transcriptomiques peut également intéresser des candidats en biologie cellulaire / moléculaire.

Profil recherché

Doctorat en Biologie ou Biologie / Chimie

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