Description du poste

L’unité de recherche « Gestion environnementale et traitement biologique des déchets » (UR GERE | Irstea) de Rennes développe des travaux de recherche visant à optimiser le recyclage et la valorisation agronomique et énergétique des déchets et des effluents organiques en vue d’améliorer l’efficience environnementale de leur gestion tout en maîtrisant les risques sanitaires. Le poste proposé s’intègre dans le cadre d’un projet financé par l’ONEMA qui a pour objectif d’évaluer le rôle respectif des compartiments eau-sédiment-plante d’une zone de rejet végétalisée (ZRV) par le suivi de polluants chimiques, de bactéries indicatrices de contamination fécale et de Listeria monocytogenes. Cette bactérie pathogène représente en effet un modèle particulièrement intéressant à étudier dans ce type d’environnement en raison de son caractère ubiquiste, de ses origines diverses (effluent de station d'épuration mais également portage par la faune sauvage), de sa persistance dans l’environnement et de sa capacité à former des biofilms.

Au sein de l’unité de recherche GERE, vous aurez la responsabilité de l’aspect sanitaire du projet qui se subdivise en deux volets (appliqué et fondamental) : l’approche appliquée qui se déroulera à Nîmes où se situe la ZRV étudiée (pour les prélèvements) et à Rennes (pour les analyses) qui consistera à participer aux campagnes de prélèvements puis à quantifier par méthode culturale les indicateurs fécaux et Listeria monocytogenes dans différentes localisations de la ZRV. Les campagnes de prélèvements sont prévues en hiver et au printemps afin de prendre en compte le développement de la végétation. Les souches isolées seront sérotypées par PCR mutiplex et génotypées. L’approche fondamentale permettra de mieux comprendre le rôle de la rhizosphère dans le développement des souches isolées de la ZRV. Elle sera réalisée à Rennes en microcosmes mais nécessitera des déplacements à l’INRA de Dijon au sein de l’UMR Agroecologie qui collaborera sur cette partie du projet. Des végétaux issus de la ZRV seront plantés et ensemencés artificiellement avec une souche de L. monocytogenes afin d’étudier les capacités de cette bactérie à coloniser les racines.

Vous aurez à suivre le développement de L. monocytogenes et à analyser des données issues de pyroséquençage. En plus des opérations de mise en place et de suivi des expérimentations, vous assurerez également la collecte et le traitement des données expérimentales générées et vous participerez activement à la valorisation technique des résultats au sein du consortium de recherche (rédaction de rapports) et à la valorisation scientifique des résultats (publications, colloques). Vos principales activités seront les analyses microbiologiques par méthode culturale et moléculaire (qPCR), le génotypage de souches, la mise en place des microcosmes, l’interprétation des données de pyroséquençage, la rédaction de rapports dans le cadre du projet ainsi que la rédaction de publications scientifiques.